Charles Darwin (Paul Bettany), científico naturalista en la Inglaterra de principios del Siglo XIX, regresa de un largo viaje alrededor del mundo con la clave para explicar el origen de las especies. Pero cuando se dispone a publicar su revolucionaria teoría sobre la vida, se encuentra con una sociedad que no está preparada para el cambio y con la desaprobación de su propia esposa (Jennifer Connelly). Cuando su hija Annie fallece a la tierna edad de diez años, Charles y Emily se encontrarán ante el mayor dilema de su vida que pondrá a prueba su amor ¿Qué puede explicar la muerte, la religión o la Ciencia?