J.D. e Kim si trasferiscono insieme mentre Elliot e Keith continuano a pianificare il loro matrimonio, ma mentre ciascuno di loro compie grandi passi nella propria vita, J.D. ed Elliot iniziano a farsi prendere dal panico e si chiedono se davvero appartengono ai loro rispettivi partner. Janitor e la sua nuova fiducia nel cervello cercano di rendere Keith un marito migliore. Nel frattempo, il dottor Cox continua ad essere arrabbiato perché J.D. è il padrino di sua figlia.