É sobre Arata Miyako, um recém funcionário do governo, que foi contratado para o Departamento de Relações Regionais Nocturnas ligado ao escritório do bairro de Shinjuku. Existe um departamento para cada um dos 23 bairros de Tokyo. Na verdade, são gabinetes criados com o intuito de resolver os acontecimentos paranormais e relacionados com o ocultismo em cada uma destas zonas. Arata foi contratado por ser capaz de entender linguagens não humanas que mais ninguém consegue.