Après le combat face au Last Ninja, l'armée des Yokai est libérée une fois de plus et il est temps que les cinq descendants du Last Ninja, Takaharu, Fuuka, Yakumo, Nagi et Kasumi deviennent les futur Ninningers afin de protéger le monde de l'armée des Yokai. Takaharuqui lui revient enfin dans sa ville natale quand une horde d'ashigaru attaque sa demeure.