Terwijl het duistere plan van Team Rocket om alle Pokémon van het Nimbasa City Pokémon Center te stelen in noodtempo wordt uitgevoerd, worden zij op de hielen gezeten door onze helden en de Metro Bazen Ingo en Emmet. Obstakel na obstakel wordt op hun weg gegooid, totdat Cilan zich herinnert dat de Spooktrein ooit bovengronds moet komen en naar het rangeerterrein van Anville Town moet gaan, wat precies het geval is. Ondertussen proberen de gevangen Pokémon van onze helden te ontsnappen uit de Spooktrein. Pikachu, Snivy, Excadrill, Roggenrola, Tepig en Pansage bundelen hun krachten en weten zichzelf uit hun kooi te bevrijden. Met hulp van onze helden en Ingo’s Chandelure, lukt het ze om de koppeling los te maken die hun treinstel verbindt aan dat van Team Rocket. Tenslotte kunnen zelfs de inspanningen van Dokter Zager niet voorkomen dat de plannen van Team Rocket worden verijdeld. Hoewel Pikachu woedend is over het feit dat Meowth al die tijd deel uitmaakte van Team Rocket, zegt Ash tegen Meowth dat hij hun gezamenlijke reis naar Nimbasa City heel plezierig heeft gevonden. Team Rocket en Dokter Zager ontsnappen in hun helikopter, en zweren dat ze terug zullen komen om te vechten. Ash richt zijn blik op zijn Gym Gevecht in Nimbasa City, waarbij hij zal strijden tegen de Nimbasa gym Leader Elisa!